Балтабек Мұқанұлының бүкіл еңбек жолы еліміздің минералдық-шикізат базасын дамытуға, Қазақстанның энергетикалық тәуелсіздігін нығайтуға, көмірсутек ресурстарын барлау мен игеруге ғылыми тәсілдерді енгізуге арналған еді.
Ол өзінің еңбек жолын 1971 жылы Биікжал мұнай барлау экспедициясынан бастаған. Жұмыс істеген жылдары ішінде Қарашығанақ, Жаңажол, Имашев, Кенбай, Әлібекмола, Арман және басқа да Қазақстанның ірі мұнай-газ кен орындарын ашу мен игеруге зор үлес қосты. Ол “Қазақстанкаспийшельф”, Ұлттық мұнай-газ компаниясы “Қазақойл”, “Нельсон Ресорсиз Лимитед”, “Меридиан Петролеум” сияқты жетекші салалық компанияларды басқарды, сондай-ақ Chevron Overseas Petroleum халықаралық корпорациясында кеңесші болып еңбек етті.
Балтабек Мұқанұлы – Қазақстанның геологиясы мен мұнай-газ саласына арналған “Палеонтологиялық қалдықтар атласы”, “Мұнай-газ геологиясы терминдерінің глоссарийі” сынды іргелі еңбектерді қоса алғанда, 10 монография мен 80-нен астам ғылыми жарияланымның авторы атанған танымал ғалым.
Ол “Құрмет”, “Парасат”, ІІІ дәрежелі “Барыс” ордендерімен марапатталып, әл-Фараби атындағы Қазақстан Республикасының ғылым мен техника саласындағы Мемлекеттік сыйлығына ие болды.