Қарсы салықтық тексеруді тағайындаудың мақсаты өнім берушілерден және (немесе) сатып алушылардан салық төлеушілер арасында жүргізілген операциялар туралы қосымша ақпарат алу, оларды "Электрондық шот-фактура" ақпараттық жүйесіндегі мәліметтерді, құжаттарды және салық төлеушінің қызметі туралы мәліметтерді пайдалана отырып, жүзеге асыру фактісін растау болып табылады.
Мемлекеттік кірістер органдары қарсы салықтық тексеруді:
- кешенді немесе тақырыптық салықтық тексеру, деңгейлес мониторинг жүргізу барысында;
- тараптардың бірі Қазақстан Республикасы болып табылатын, салық немесе құқық қорғау органдары арасындағы өзара ынтымақтастық туралы халықаралық шарттарға (келісімдерге), сондай-ақ Қазақстан Республикасы халықаралық ұйымдармен жасасқан шарттарға сәйкес басқа мемлекеттердің салық немесе құқық қорғау органдарының, халықаралық ұйымдардың сұрау салулары түскен кезінде туындайтын мәселелер бойынша тағайындайды.
Қарсы салықтық тексеру Салық кодексінің 65-бабында белгіленген талап қоюдың ескіру мерзімі шегіндегі кезеңді қамтиды.
Тексерілетін салық төлеушінің (салық агентінің) өнім берушілері мен сатып алушыларына (бұдан әрі – контрагенттерге) қатысты, сондай-ақ деңгейлес мониторингке қатысушылармен операцияларды жүзеге асырған тұлғаларға қатысты кешенді немесе тақырыптық салықтық тексерулер, деңгейлес мониторинг жүргізу кезінде қарсы салықтық тексерулер тағайындалғанға дейін мемлекеттік кірістер органының салықтық тексеруді жүзеге асыратын лауазымды адамынан немесе Мемлекеттік кірістер комитетінің электрондық шот-фактуралардың жүйесінен алынған мәліметтерді, салық төлеушінің қызметі туралы құжаттарды (оның ішінде бухгалтерлік құжаттар) және мәліметтерді пайдалана отырып, деңгейлес мониторингті жүзеге асыратын лауазымды адамынан:
- салықтық есептілікте өзара есеп айырысуларды көрсетпеу фактілері анықталған негізгі сатып алушылар мен өнім берушілердің тізбесін жүктеу және айқындау;
- тауарлардың, жұмыстар мен көрсетілетін қызметтердің шығу көзін айқындау үшін сатып алушылар мен жеткізушілер арасындағы өзара есеп айырысуларды салыстырып тексеру жүргізу;
- салықтық есептілікте өзара есеп айырысуларды көрсетпеу, тауарлардың шығарылған жерінің болмауы, электрондық шот-фактураның үзінді көшірмесін шектеуді қолдану фактілері анықталған сатып алушылар мен өнім берушілерге қатысты қарсы қосалқы тексерулерге сұрау салулар қалыптастыру қажет.
Мемлекеттік кірістер органдарының кешенді немесе тақырыптық салықтық тексерулер, деңгейлес мониторинг жүргізу кезінде қарсы салықтық тексеруге сұрау салуды орындау мерзімі 20 (жиырма) жұмыс күнінен аспайды.
Қарсы салықтық тексерулер жүргізуге сұрау салулар мынадай:
- электр және (немесе) жылу энергиясын, суды, газды, байланыс қызметтерін жеткізуді жүзеге асыратын (егер аталғандар тауар болып табылмаса);
- салықтық мониторингке жататын;
- Салық кодексінің 91-бабында айқындалған тәртіппен әрекет етпейтін деп танылған;
- іс жүзінде жұмыстарды орындамай, қызметтерді көрсетпей және тауарларды тиеп-жөнелтпей электрондық шот-фактураларды жазып беру жөніндегі әрекеттерді жасау фактісі бойынша сотқа дейінгі тергеп-тексеру жүргізіліп жатқан;
- заңды күшіне енген сот шешімі негізінде тіркеуі (қайта тіркеуі), сондай-ақ мәмілелерді жасасуы жарамсыз деп танылған;
- Қазақстан Республикасында қосылған құн салығын төлеушілер болып табылмайтын және қызметін филиал, өкілдік арқылы жүзеге асырмайтын жұмыстарды (көрсетілетін қызметтерді) орындаған бейрезидент өнім берушілермен (салық төлеушілермен) өзара есеп айырысулар бойынша қалыптастырылмайды.
Қарсы қосалқы тексеруді тағайындау немесе қарсы қосалқы тексеруді жүргізу туралы мемлекеттік кірістер органына сұрау салуды, сондай-ақ деңгейлес мониторинг жүргізу барысында қарсы тексеруді жолдау үшін мемлекеттік кірістер органдары, оның ішінде мынадай:
- тауарлардың (жұмыстардың, қызметтердің) мәмілелері бойынша тауарларды (жұмыстарды, қызметтерді), мүлікті өткізуден алынған пайданы кіріс есебіне жатқызбау;
- Қазақстан Республикасының заңнамасында белгіленген талаптарды бұза отырып (оның ішінде жеке кәсіпкерлік субъектілеріне жататын заңды тұлғаларды қоспағанда, жол берілген түзетулермен, тазартулармен, бұлыңғыр, анық емес қойылған қолдармен, ұйымдардың мөрлерімен, мөртабандарымен), жазбаша нысанда шарт жасаспастан тауарларды (жұмыстарды, қызметтерді) сатып алу немесе тауарларды тиеп-жөнелту, жұмыстарды орындау, қызметтерді көрсету;
- салық төлеушінің тауарларды жеткізу, жұмыстарды орындау немесе қызметтер көрсету үшін экономикалық қажетті мүліктің орналасқан уақытын, орнын немесе материалдық ресурстардың көлемін ескере отырып, мәмілелерді (операцияларды) нақты жүзеге асыра алмауы;
- еңбек ресурстарының, негізгі құралдардың, өндірістік активтердің, қойма үй-жайларының, көлік құралдарының болмауына байланысты тиісті экономикалық қызметтің нәтижелеріне қол жеткізу үшін қажетті жағдайлардың болмауы;
- егер қызметтің мұндай түрі үшін өзге де шаруашылық мәмілелерді (операцияларды) жасау және есепке алу талап етілсе, кіріс алуға тікелей байланысты шаруашылық мәмілелерді (операцияларды) ғана салық салу мақсаттары үшін есепке алу;
- салық төлеуші (салық агенті) бухгалтерлік есепке алу құжаттарында көрсеткен көлемде жүргізілмеген (көрсетілмеген) немесе жүргізілуі (көрсетілуі) мүмкін емес тауарлармен, жұмыстармен немесе көрсетілетін қызметтермен мәмілелер (операциялар) жасау;
- өзара талаптарды өтеуді есепке жатқызудың, талап ету құқықтарын басқаға беру жөніндегі операциялардың, тауар алмасу және ақшасыз операция нәтижелерінің бухгалтерлік есепте және (немесе) көрсетілмеуі;
- төлемі қолма-қол ақшалай есеп айырысу жүргізілген азаматтық-құқықтық мәміле бойынша тауарларды, жұмыстарды, көрсетілетін қызметтерді сатып алу;
- салық салынатын айналым мөлшерін түзету және (немесе) есепке жатқызылатын қосылған құн салығының сомасын түзету жүргізілген қосымша электрондық шот-фактураларды ұсыну;
- тауарларды іс жүзінде жеткізусіз, жұмыстарды орындамай, қызметтер көрсетусіз корпоративтік (жеке) табыс салығы бойынша шығыстарды шегерімге жатқызу және қосылған құн салығы сомаларын есепке жатқызу мақсатында мәмілелер жасасу;
- тауардың қосылған құнын ұлғайту, тиісінше есепке жатқызылатын қосылған құн салығы сомасының есептелген салық сомасынан асып кетуін ұлғайту мақсатында мәмілелер жасасу;
- басшысына (құрылтайшысына) қатысты Сотқа дейінгі тергеп-тексерудің бірыңғай тізілімінде Қазақстан Республикасы Қылмыстық кодексінің 216-бабында көзделген құқық бұзушылық бойынша қылмыстық іс тіркелген тікелей өнім берушімен өзара есеп айырысу бойынша қосылған құн салығының сомаларын есепке жатқызу;
- үлестес және өзара байланысты тараптармен корпоративтік (жеке) табыс салығы бойынша шығыстарды шегерімдерге жатқызу және қосылған құн салығы сомаларын есепке жатқызу мақсатында мәмілелер жасасу;
- мемлекеттік органдардан, оның ішінде құқық қорғау органдарынан салық төлеуден жалтару белгілері мен фактілері туралы ақпарат алу;
- Салық кодексінің 173-бабында белгіленген тәртіппен жанама әдістер негізінде салық салу объектілерін және (немесе) салық салуға байланысты объектілерді айқындау.
Өнім берушінің тауарларды жеткізу, жұмыстарды орындау және қызметтер көрсету, бірақ оларға бастапқы құжаттарды ұсыну мүмкін болмауы анықтаған кезде, қарсы тексеру жүргізуге сұрау салуда осындай өзара есеп айырысуларды тіркеуді жүзеге асыру.
Қарсы тексеруге тоқтатылған сұрау салулар бойынша мәліметтер сұрау салынатын және растайтын құжаттардың көшірмелерімен, оның ішінде сұрау салу тоқтатылған күннен бастап 3 (үш) жұмыс күнінен кешіктірмей электрондық поштаға қайталап қарсы тексеру бастамашысына жіберіледі.
Бұйрық 2026 жылғы 1 қаңтардан бастап қолданысқа енгізіледі.