«Қазақстан Республикасы Ұлттық ғылым академиясы» КЕАҚ қызметінің негізгі бағыттарының ішінде мыналар анықталған:
- әлеуметтік-экономикалық дамудың басымдықтарына сәйкес ғылыми, ғылыми-техникалық және инновациялық қызметтің басым бағыттарын, сондай-ақ стратегиялық, іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулердің басым бағыттарын айқындау бойынша ұсыныстар әзірлеу;
- жыл сайынғы ұлттық ғылыми баяндаманы дайындауды және жариялауды үйлестіру;
- ғылымды дамыту бойынша форсайттық зерттеулерді дайындау мен жүргізуді үйлестіру;
- ғылым саласындағы атаулы жүлделер мен стипендияларға конкурстар өткізу;
- ғылым мен техниканың әртүрлі салаларында ғылыми зерттеулер жүргізу;
- ғылыми журналдарды шығару, халықаралық ғылыми және ғылыми-техникалық ынтымақтастықты дамытуға қатысу;
- ғылымды танымал етуге қатысу және т.б.
Қазақстан Республикасы Ұлттық ғылым академиясының қызметін қаржыландыру бөлінген бюджет қаражаты шегінде ел бюджетінен жүзеге асырылады.
1 маусымда ҚР Ұлттық ғылым академиясының мерейтойлық сессиясында Мемлекет басшысы Қасым-Жомарт Тоқаев бюджеттен қаржыландыру арқылы оған мемлекеттік мәртебе беру арқылы оның рөлін арттыруды тапсырды. Академиктердің ұсынысы бойынша Үкімет Ұлттық ғылым академиясын трансформациялау жөніндегі мемлекеттік комиссия құрды. Оның негізгі міндеті академия қызметінің негізгі бағыттары бойынша біртұтас ұстанымды әзірлеу болды.