Бұйрық ғылым саласындағы жыл сайынғы мына марапаттарды белгілейді:
- Ғылым саласындағы үздік ғылыми зерттеулер үшін К.И. Сәтбаев атындағы премия;
- Гуманитарлық ғылымдар саласындағы үздік ғылыми зерттеулері үшін Ш.Ш. Уәлиханов атындағы премия;
- Ауылшаруашылығы ғылымы саласындағы үздік ғылыми зерттеулері мен жұмыстары үшін 3А.И. Бараев атындағы (бірінші, екінші және үшінші) үш премия;
- Педагогика саласындағы үздік ғылыми зерттеулері мен еңбектері үшін Ы. Алтынсарин атындағы премия;
- Түркітану саласындағы көрнекті жетістігі үшін бір Күлтегін атындағы премия;
- Жаратылыстану ғылымдары саласындағы үздік жұмыстары үшін жас ғалымдарға Д.А. Қонаев атындағы премия;
- Жас ғалымдарға гуманитарлық ғылымдар саласындағы үздік жұмыстары үшін М.О. Әуезов атындағы бір сыйлық.
Сонымен қатар министрлік 75 мемлекеттік ғылыми стипендияны, оның ішінде 40 жасқа дейінгі дарынды жас ғалымдарға арналған 50 мемлекеттік ғылыми стипендияны тағайындады.